Pour récupérer les données d'Epi Info dans le logiciel R, il faut utiliser les fonctions de lecture de données au format Access qui est le nouveau format des données Epi Info.


Fen_tre_R

Ces fonctions se trouvent dans le "package" RODBC, qui doit donc être préalablement chargé et installé dans R.

Liste_de_Packages

 

Une fois celui-ci installé, les deux fonctions du paquet RODBC à utiliser sont:

  • odbcConnectAccess(), pour accéder au fichier Access (au projet Epi Info);
  • sqlFetch(), pour lire les données d'une table de ce projet.


Par exemple, si on veut récupérer les données du questionnaire (de la table) "principal" du projet Epi Info "ISAAC2F", qui se trouve dans le répertoire "Mes Documents", (c'est le projet qui sert d'exemple au document d'introduction à Epi Info, cf message du 15 décembre 2010, "Analyse statistique avec Epi Info") voici la syntaxe des fonctions à utiliser:

> ProjetIsaac <- odbcConnectAccess("C:/Documents and Settings/Administrateur/Mes documents/ISAAC2F.MDB")

> IsaacPrincipal <- sqlFetch(ProjetIsaac, sqtable="principal",colnames=FALSE,rownames=FALSE)

L'objet R "IsaacPrincipal" contiendra alors l'ensemble des données de la table "principal" du projet Epi info "ISAAC2F" (1366 sujets, et 10 variables).

> dim(IsaacPrincipal)
[1] 1366   10

On retrouve ainsi tous les noms des variables de la table "principal":

> dimnames(IsaacPrincipal)[[2]]
 [1] "identification" "dateentrevue"   "age"            "sexe"           "sifflements"    "crisessiff"   
 [7] "eczema"         "poids"          "taille"         "PM2_5"        

 

On peut alors appliquer aux données les tests et les modèles statistiques disponibles sur R.

 

Remarque: ces fonctions de lecture de fichier au format Access ne marchent qu'avec la version Windows du logiciel R.