R : un logiciel de statistique complémentaire d'Epi Info

4 mars 2011

R : un logiciel de statistique complémentaire d'Epi Info

Epi Info™ est un très bon programme pour créer des questionnaires, et saisir ensuite les données obtenues.
Pour ce qui est des analyses statistiques, il propose toutes les analyses de base utilisées en épidémiologie, mais si on veut aller plus loin, un logiciel statistique complémentaire peut être utile.

Parmi les logiciels de statistiques gratuits qui peuvent servir de complément à Epi Info™, deux me semblent particulièrement intéressants:
Open Epi qui propose une sérire d'outils statistiques semblalbles à ceux du module Statcalc d'Epi Info;

et le logiciel R.

Rlogo

Je reviendrai dans un prochain message sur Open Epi.

Dans ce message je vais plus particulièrement parler de R.

C'est un logiciel de statistique très complet, proposé sous licence GNU GPL, c'est à dire qu'il est gratuit, et que tout le monde peut contribuer à son développement.
De fait il bénéficie de très nombreuses contributions (notamment d'universités), et proposent donc de nombreux outils statistiques.

Par rapport à Epi Info, R permet d'appliquer

de nombreux tests dits non paramétriques et des tests exacts (en plus du test de Kruskal Wallis pour comparer deux distributions d'une variable quantitative, du test du Chi 2 et le test exact de Fisher pour comparer deux pourcentages, proposés par Epi Info)
des modèles statistiques plus complexes, comme
la régression logistique polytomique (régression logistique ordinale),
et des analyses factorielles (analyses en composantes principales, analyses des correspondances multiples…)…
de réaliser de nombreux graphiques.

Une fonction permet de récupérer facilement des donées au format Epi Info 2000 (donc Access) dans R (voir le message du 9 mars 2011, "Importer des données Epi Info dans R").

Cependant R est un logiciel moins convivial qu'Epi Info, et demande un certain temps d'adaptation pour apprendre à l'utiliser. Pour traiter les données il faut taper des lignes de commandes, comme celles qui apparaissent dans la fenêtre "Programme editeur" du module Analyse des Données d'Epi Info.

Il existe pour les 3 plateformes principales des ordinateurs: Windows, Mac OS X et GNU/Linux.

Il peut être téléchargé sur le site suivant (en anglais) The Comprehensive R Archive Network.